Depuis 1859, la "digue à la mer" protège les terres des incursions marines. Les échanges entre la mer et l'intérieur des terres ne se font qu'à travers despertuis. Les pertuis de La Fourcade et de la Comtesse sont fonctionnels tandis que celui de Rousty s'est ensablé. Là, la manipulation de vannes détermine la salinité et les niveaux d'eau de milliers d'hectares (étang du Vaccarès, étangs "inférieurs") autour desquels les enjeux sont variés.

Un même geste, l'ouverture des vannes, conduit à des situations contraires selon les niveaux d'eau et le sens du vent :  

• Par vent du nord et haut niveau des étangs, le delta se vide de son eau et de son sel vers la mer.
• Par vent du sud et haut niveau marin, les étangs se remplissent et se resalent. 

Ainsi, la manipulation des vannes de la "digue à la mer" résulte-t-elle d'intérêts variés, agricoles, halieutiques, de conservation de la nature, de sécurité publique. C'est pourquoi une concertation est indispensable. Elle est animée par le Parc naturel régional au sein d'une "Commission exécutive de l'eau" où tous ces intérêts sont représentés. Dans un tel contexte, un garde est chargé d'assurer, sur le terrain, la surveillance et les opérations d'ouverture et de fermeture.

La nature des conflits entre usagers de l’eau tourne autour de trois questions qui sont par ordre d'importance : 

• La qualité de l'eau : les besoins divergent en premier lieu sur la salinité : eau douce pour l'agriculture, saumâtre pour certains milieux naturels, salée pour la saliculture. Mais la qualité chimique et biologique des eaux pose aussi problème. Engrais et pesticides agricoles, irrigation massive du delta par l'eau du Rhône (400 millions de m3/an) de qualité moyenne sont par exemple une source d'inquiétude pour la protection des milieux naturels. 
• La saisonnalité des besoins : les plus gros consommateurs (riziculteurs et saliniers) ont des besoins d'eau au printemps et en été. Ils imposent une hydrologie du delta inverse de celle du régime naturel, peu favorable par exemple à la conservation des espèces animales et végétales les plus originales. Par ailleurs, la période des  besoins de nombreux autres usagers (coupeurs de roseaux, éleveurs, chasseurs) est souvent spécifique et peu compatible.
• La quantité d'eau : il s'agit de la hauteur d'eau souhaitée dans le milieu pour l'exercice d'une activité (pêche, chasse, coupe du roseau, croissance du riz...). Elle diffère d'une activité à l'autre, d'où la question : quel niveau ou quelles variations de niveau d'eau sont acceptables par tous ?

 D’avril à septembre, le delta reçoit  400 millions de m³ d’eau douce pour les besoins de la riziculture et 125 millions de m³ d’eau de mer pour ceux de la saliculture. Il est donc gorgé d’eau au c½ur de l’été. Durant l’hiver, rizières et salins sont mis à sec. Autrefois en été, les conditions naturelles de la région (forte évaporation, faibles précipitations, basses eaux du Rhône) déterminaient une phase d’assèchement plus ou moins marquée des zones humides et des lagunes du delta. Plus tard, les crues d’automne et les tempêtes hivernales le remplissaient. L’hydrologie actuelle du delta est donc complètement inversée.

Une enquête de 1996 montre que 53 % des usagers sont insatisfaits de la gestion de l’eau. Ces difficultés ont trois causes principales. 

• Des besoins en eau différents sur un même espace. C’est le cas des roselières gérées pour la chasse, la coupe du roseau, le pâturage et la conservation de la nature. Le problème de la compatibilité des activités se pose alors. 
• Un usage de l’eau tributaire d’un autre usage : Plus de la moitié des usagers sont dans ce cas ! L’inondation de marais de chasse, d’étangs pour la conservation des oiseaux ou de pâturages pour la pousse de l’herbe   s’effectue à partir du réseau agricole. Or c’est la riziculture qui détermine largement les périodes de distribution de l’eau dans le réseau et conditionne donc sa disponibilité et aussi sa qualité.
• De la dépendance hydrologique des milieux deltaïques : La gestion de l’eau dans un espace perturbe les activités alentour en créant un environnement non recherché (trop humide, trop salé  ). Le problème de la protection du milieu se pose. Généralement, cette situation conduit au cloisonnement de l’espace soit par la mise en place d’espaces tampons (création de la Réserve nationale de Camargue) soit par des aménagements visant à rompre les échanges entre milieux (digues, barrage anti-sel)