Un diagnostic écologique de cette aire marine protégée vient d’être réalisé : il a mis en avant un bon état écologique des habitats. Lors de cette étude, 179 espèces benthiques ont ainsi été inventoriées parmi lesquelles des espèces d’intérêt commerciales comme la telline, la nasse changeante ou le poulpe. D’ailleurs, la richesse biologique de ces habitats est bien connue des pêcheurs qui y concentrent une partie de leur exploitation.
La présence d'un habitat atypique (mais pas d’intérêt communautaire) a été mis en évidence : les Reefs envasés, formations de vase indurée constituant un biotope unique perçé de nombreuses microgaleries.
Par ailleurs, 2 espèces d’intérêt communautaire fréquentent ponctuellement la zone: la tortue caouanne et le grand dauphin.
Un autre animal emblématique y est observé régulièrement, notamment le long des enrochements de la digue de Port Camargue : l’hippocampe à museau court.
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